Mr_Барсик, Шаблон Главной страницы:
Код
<?if($REQUEST_URI$='/')?><?else?><link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$"/><?endif?>
Шаблон "Страница со списком материалов раздела":
Код
<?if($REQUEST_URI$=substr($SECTION_URL$,len($HOME_PAGE_LINK$)))?><?else?><link rel="canonical" href="$SECTION_URL$"/><?endif?>
Шаблон "Страница со списком материалов категории":
Код
<?if($REQUEST_URI$=substr($CAT_URL$,len($HOME_PAGE_LINK$)))?><?else?><link rel="canonical" href="$CAT_URL$"/><?endif?>
Шаблон "Страница материала и комментариев к нему":
Код
<?if($REQUEST_URI$=$ENTRY_URL$)?><?else?><link rel="canonical" href="$HOME_PAGE_LINK$$ENTRY_URL$"/><?endif?>