В своё время еще попадалась программка для работы со спрайтами, когда увлекался консолями олдскульными (типо сеги и денди), что именно работает со скринами - несколько скринов ей закидываешь, после общую часть вырезает в отдельный слой... думаю, вполне тот же метод применим и здесь - на кадры разбить заснятый скрин анимированный, фон соответственно статичный - его и откинет, оставив лишь то, что меняется. Я это к тому, что было бы желание - поискать можно, софт для работы с пиксель-артсом.